De geschiedenis van Montbozon gaat terug tot de prehistorie, met de ontdekking van een neolithische nederzetting. Het gebied werd duizenden jaren lang bewoond en in de 12e eeuw vestigde de familie Montbozon zich er. Deze familie bezat een proosdij die zich uitstrekte over meer dan 70 dorpen, wat het belang van Montbozon in de lokale geschiedenis illustreert.
